• Mejora del estado de conservación de las poblaciones de las especies amenazadas, endémicas, raras y poblaciones presa en el área transfronteriza.
• Mejora y restauración de los hábitats prioritarios en especial de las áreas esteparias y ribereñas del Tajo y del Guadiana, así como los hábitats de las especies amenazadas.
• Dotar de equipamientos necesarios para la valorización de la biodiversidad y los resultados en el área transfronteriza.
• Eliminación de las especies invasoras presentes en el área, en especial de las especies vegetales acuáticas.
• Dar a conocer la biodiversidad transfronteriza y sus valores.
• Favorecer el cambio de actitud en la sociedad rural del área transfronteriza relacionado con la conservación de la naturaleza.

Entre los principales productos: 

1) Inventarios y estudios sobre la biodiversidad y los valores naturales.
2) Herramientas y procedimientos para la gestión de la biodiversidad.
3) Adquisición de equipamientos para la gestión de la biodiversidad.
4) Mejora de hábitats.
5) Mejora de la percepción social sobre la importancia de conservar la biodiversidad.