La importancia de la navegabilidad del río Guadiana, desde su desembocadura hasta Mértola, marcó durante milenios la ocupación humana de todo el valle del Guadiana y sur de la península.

Así, este proyecto tiene como objetivo la rehabilitación de la navegabilidad del río Guadiana en el tramo internacional, así como de las infraestructuras portuarias existentes en ambas márgenes, y su accesibilidad,  con el fin de elevar la seguridad de la navegación, propiciando el desarrollo de la actividad recreativa y turística, en consonancia con las pautas de desarrollo sostenible que promueve el Programa. 

Además del carácter recreativo está el transporte marítimo de pasajeros, y compatibilizando la conservación y protección del patrimonio natural con un desarrollo económico sostenible a través del turismo y las actividades vinculadas al ocio y la práctica recreativa y deportiva en el río Guadiana que constituye una vía navegable de carácter transnacional.